Озеро Донгус-Орун-Кель находится в пограничной зоне между Россией и Грузией, на и под вершинами Донгуз-орун-баши (4450 м) и Накра-тау (4228 м), что на северном склоне Главного Кавказского хребта, у ледника Северный Донгуз-Орун.